Apprendre quels changements génétiques prédisent le plus grand risque de décès par cancer

Face au cancer, les oncologues font face à une double épidémie de surtraitement et de sous-traitement. Le traitement de la maladie implique souvent une chimiothérapie sévère et d’autres interventions avec des effets secondaires importants. En conséquence, les cliniciens peuvent retarder le traitement d’une croissance qui semble inoffensive jusqu’à ce qu’elle devienne mortelle et qu’il soit trop tard pour la traiter. Ou, ils pourraient traiter de manière excessive un cancer moins agressif avec des thérapies dures qui causent plus de tort au patient que de bienfait.

Maintenant, deux chercheurs, dont Jason Sheltzer, PhD, professeur adjoint de chirurgie (oncologie) de Yale, ont mené une étude analysant les caractéristiques moléculaires de 33 cancers humains différents dans le but de trouver un moyen de différencier les formes non menaçantes et agressives de la maladie et a trouvé des résultats surprenants. Ils ont publié leurs découvertes dans Rapports de cellule le 29 mars.

“C’est la première fois que nous avons une compréhension globale des différences génétiques entre les cancers humains mortels et relativement inoffensifs sur plusieurs dizaines de types de cancer”, déclare Sheltzer.

Les biomarqueurs prédisent les résultats du cancer des patients

L’identification de biomarqueurs pronostiques du cancer peut aider les cliniciens à évaluer quels patients atteints de cancer sont les plus à risque de développer des formes agressives de la maladie. Mais bien que de nombreuses données génomiques aient été collectées pour la recherche sur le cancer, il a été difficile de traduire ces données en informations cliniques exploitables.

En 2006, l’Institut national du cancer et l’Institut national de recherche sur le génome humain se sont lancés dans une étude pluriannuelle à grande échelle appelée “The Cancer Genome Atlas Program”. Le projet a recruté 10 884 patients atteints de 33 types de cancer différents et a effectué un profilage moléculaire sur les tumeurs de ces patients. Ils ont analysé les données, notamment l’expression des gènes des tumeurs, les mutations, les modifications du nombre de copies, la méthylation de l’ADN, l’expression des microARN et l’expression des protéines. De plus, ils ont recueilli des informations sur l’évolution clinique des patients – s’ils ont survécu quelques mois ou plusieurs années après la chirurgie. “Dans notre étude, nous avons lié ces deux données ensemble”, explique Sheltzer.

Aux côtés du premier auteur et épouse Joan Smith, ingénieur logiciel senior chez Google, Sheltzer a évalué si l’un des biomarqueurs génomiques présents dans les tumeurs cancéreuses était lié à des temps de survie plus courts ou plus longs chez les patients. L’étude a donné un certain nombre de résultats surprenants. Par exemple, les chercheurs sur le cancer ont montré un intérêt significatif pour l’utilisation des données sur les mutations de certains cancers comme biomarqueur pronostique potentiel, estimant que les patients dont les cancers présentaient certaines mutations dans un gène particulier peuvent connaître des résultats pires et doivent être surveillés de plus près. Cependant, les données récentes suggèrent que les mutations n’ont pas beaucoup de signification pronostique dans le cancer.

Décès associés aux nombres de chromosomes

En revanche, ils ont constaté que les altérations du nombre de copies étaient hautement pronostiques et significativement associées aux résultats des patients pour plusieurs types de cancer. La plupart des cellules du corps humain ont 23 paires de chromosomes. Dans les cancers, les altérations du nombre de copies ont tendance à se produire lorsque les cellules gagnent ou perdent des chromosomes, ce qui entraîne un nombre supplémentaire ou inférieur d’un gène. Sheltzer dit que son laboratoire accordera une attention particulière aux changements du nombre de copies dans les gènes et les chromosomes, et pourquoi ils sont associés aux décès par cancer, dans ses recherches à venir.

“Une découverte surprenante est que les mutations véhiculaient relativement peu d’informations, mais d’autres types de mesures génomiques du cancer, en particulier les mesures du nombre de copies, contenaient beaucoup d’informations pronostiques”, explique Sheltzer. De plus, l’équipe a créé un portail Web qui permet aux chercheurs d’accéder aux analyses qu’ils ont effectuées. Ils espèrent que leurs découvertes aideront les cliniciens à identifier correctement les cancers moins importants qui ne nécessitent pas de traitements intenses, ainsi que les cancers potentiellement mortels qui nécessitent une intervention rigoureuse.

“Notre travail peut potentiellement améliorer le bien-être des patients atteints de cancer en réservant les traitements les plus durs à ceux qui ont besoin des interventions les plus agressives”, déclare Sheltzer.

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