- L’amélioration des techniques scientifiques a permis aux chercheurs de mieux comprendre le fonctionnement du génome humain.
- En examinant le génome et l’épigénome des tumeurs cancéreuses du cerveau, les chercheurs ont maintenant pu prédire les résultats pour les patients.
- Ces informations pourraient également être utilisées pour identifier les traitements qui seraient les plus utiles pour traiter certains cancers.
- Sur la base des résultats, les scientifiques ont testé l’abémaciclib, un médicament contre le cancer du sein, chez un petit nombre de patientes et ont constaté une amélioration de leurs symptômes et une réduction de la taille de la tumeur. On espère que les futurs essais cliniques valideront ces premiers résultats.
Le séquençage du génome des tumeurs cancéreuses est souvent utilisé pour aider à identifier le type de cancer d’une personne et le meilleur traitement pour celui-ci.
Bien que la génomique du cancer soit utilisée depuis quelques années maintenant, les scientifiques sont encore en train d’apprendre la meilleure façon d’utiliser les informations génomiques pour évaluer et catégoriser les cancers.
Un domaine qui a reçu peu d’attention jusqu’à présent est le statut de méthylation du génome du cancer autour de gènes spécifiques.
Les niveaux d’expression de certains gènes peuvent également être affectés par les variants du nombre de copies (CNV). Les CNV surviennent parce que certaines sections d’ADN sont répétées et que le nombre de répétitions varie d’un individu à l’autre en raison de délétions ou de duplications d’ADN.
Cela laisse certaines personnes avec de nombreuses copies d’une séquence d’ADN particulière, tandis que d’autres en ont beaucoup moins. Ces variations entre les individus peuvent être normales et inoffensives, mais elles peuvent également être à l’origine de maladies.
Un type de cancer du cerveau appelé méningiome est connu pour la diversité des CNV qui se produisent entre les génomes de différentes tumeurs. Les CNV peuvent également affecter la méthylation, ce qui affecte davantage l’expression des gènes.
Dans une étude menée par des chercheurs de la Northwestern University à Evanston, IL, les scientifiques ont décidé d’examiner à la fois le niveau de méthylation dans les génomes du méningiome et le nombre de répétitions dans différents CNV. Ils ont inclus certains gènes dans le génome du cancer connus pour contrôler la croissance et la réparation pour voir si cela fournissait un aperçu des résultats.
Les résultats sont publiés dans la revue
En utilisant les données génomiques de 565 tumeurs prélevées sur deux cohortes de patients suivis pendant 5 à 6 ans, les chercheurs ont dressé le profil de la méthylation de l’ADN des génomes du cancer. Ils ont ensuite analysé cela parallèlement à la présence de répétitions d’ADN à certains points du génome et ont également examiné l’ARN présent dans les tumeurs pour déterminer quels gènes avaient et n’avaient pas été exprimés.
Ils ont découvert que l’examen du nombre de répétitions au sein de certains gènes ne permettait pas de prédire avec précision les résultats des patients, mais que l’examen du nombre de répétitions de gènes parallèlement au niveau de méthylation révélait trois degrés différents de tumeur.
Un peu plus d’un tiers des tumeurs de la cohorte étaient des méningiomes conçus « Merlin intact », où les patients avaient les meilleurs résultats. Ces tumeurs n’impliquaient pas un nombre anormal de répétitions sur le gène qui code pour une protéine appelée merlin, qui
À l’inverse, 38 % avaient des méningiomes immuno-enrichis où les patients avaient des résultats intermédiaires. Ces tumeurs étaient caractérisées par la perte du gène qui code pour merlin et la régulation négative d’autres gènes suppresseurs de tumeurs en raison de la méthylation.
Cela leur a permis de surmonter les réponses normales du système immunitaire.
28% supplémentaires avaient des méningiomes hypermitotiques où le patient avait non seulement moins de répétitions du gène qui code pour merlin, mais un certain nombre d’autres répétitions de gène qui provoquaient soit une croissance accrue, soit une diminution de la suppression tumorale.
Ils avaient également une méthylation qui permettait l’expression accrue d’un gène connu pour favoriser la croissance cellulaire. Ces patients ont eu les résultats les moins favorables.
En utilisant ces informations, les chercheurs ont ensuite testé le médicament abemaciclib, un médicament anticancéreux déjà utilisé pour le cancer du sein, sur des cellules tumorales dans des lignées cellulaires, des organoïdes et des xénogreffes chez la souris.
Les résultats de ces expériences ont indiqué que le médicament pouvait être utilisé pour traiter les individus qui avaient été identifiés comme ayant soit des tumeurs immuno-enrichies, soit des tumeurs hypermitotiques.
Les essais précédents n’ont pas réussi à identifier les médicaments qui pourraient traiter de manière fiable le méningiome, mais l’identification d’un biomarqueur pourrait aider à identifier les patients qui pourraient bénéficier de certains traitements, a déclaré l’auteur principal de l’étude, le Dr. Stéphane Magill.
Dr. Magill est professeur adjoint de chirurgie neurologique à la Northwestern University Feinberg School of Medicine. Il a dit Nouvelles médicales aujourd’hui dans une interview: “Certaines de nos découvertes soulèvent vraiment la possibilité que plus nous en savons sur la biologie, [the more] on peut alors dire : ce n’est pas juste un méningiome, vous avez un méningiome hypermitotique. »
“Nous pouvons donc vraiment l’utiliser comme biomarqueur pour stratifier qui participerait à un essai clinique.”
Noam Shomron, chercheur en cancérologie, professeur à la Faculté de médecine Sackler de l’Université de Tel Aviv, en Israël, qui n’était pas impliqué dans la recherche, a déclaré Nouvelles médicales aujourd’hui:
“Je pense que c’est une étude merveilleuse, car elle est si complète, et elle couvre les découvertes moléculaires et cliniques et les variations structurelles et la méthylation – qui est l’épigénétique – [and something that] n’occupe pas souvent le devant de la scène. ”