Chasse aux variantes : De meilleures puces à puce peuvent améliorer la précision des scores polygéniques pour l’autisme, mais elles ne sont toujours pas parfaites.
Pasieka / Source scientifique
Les prédictions génétiques des chances d’un individu d’être autiste peuvent souvent manquer les contributions des principales variantes associées à la maladie, selon les résultats présentés hier lors de la réunion annuelle 2022 de l’International Society for Autism Research. (Les liens vers les résumés peuvent ne fonctionner que pour les participants inscrits à la conférence.)
Avec des centaines de gènes et des milliers de variantes liées à l’autisme, certains chercheurs s’efforcent de créer des “scores polygéniques” fiables. Parmi eux se trouvent Kelly Benke, assistante scientifique à l’Université Johns Hopkins de Baltimore, Maryland, qui a engagé Michael Yao, un lycéen bénévole, pour vérifier son analyse. Yao, qui a présenté les travaux, a découvert que malgré l’utilisation des meilleurs protocoles, ils avaient abandonné par inadvertance certaines variantes fortement liées à l’autisme.
“Il y a une perte d’informations dans ces partitions”, explique Benke.
Pour tester l’étendue du problème, Benke et son équipe ont recherché trois ensembles de données – l’étude Early Autism Risk Longitudinal Investigation (EARLI), l’Infant Brain Imaging Study (IBIS) et les marqueurs du risque d’autisme chez les bébés – Apprentissage des signes précoces (MARBLES ) étude – pour 88 variants, appelés polymorphismes nucléotidiques simples (SNP), précédemment identifiés dans une vaste étude d’association à l’échelle du génome. Même après correction standard des données, une analyse a manqué six des variantes.
“La communauté de la génétique ne signale pas cela”, dit Benke. “Vous dites simplement : ‘C’est le nombre de SNP qui sont entrés dans le score.’ Cela ne vous dit rien sur la question de savoir si vous avez perdu des informations importantes et combien. »
BAvant que les chercheurs ne nettoient les données – un processus courant appelé imputation – seulement 28 des 88 variantes apparaissaient dans MARBLES, 52 dans IBIS et 54 dans EARLI, ont-ils découvert. Après imputation, cependant, ils ont pu identifier les 88 variantes dans IBIS et EARLI, et 82 dans MARBLES.
L’étude MARBLES utilise une puce à puce qui peut rechercher 1 million de sites génétiques pour les SNP, tandis que EARLI et IBIS en utilisent une plus récente – la plus grande disponible – qui peut rechercher 5 millions de sites. Mais la puce 5M coûte environ 500 dollars par génome, dit Benke, ce qui la rend prohibitive pour de nombreuses études.
L’équipe a également créé une nouvelle métrique pour évaluer dans quelle mesure un score polygénique donné intègre les variantes les plus fortement liées à l’autisme. Sur un score maximum de 1, IBIS a marqué 0,9, EARLI 0,88 et MARBLES 0,87.
La métrique pourrait être utile dans les futures publications de scores polygéniques, dit Benke. Elle et ses collègues envisagent de créer un outil gratuit pour aider les chercheurs à faire le calcul, mais en attendant, les informations nécessaires sont librement disponibles, dit-elle.
Lire la suite rapports de la 2022 International Société de recherche sur l’autisme annuel rencontreg.