Une étude identifie des biomarqueurs du cancer basés sur un type de modification génétique

Les biomarqueurs sont souvent utilisés pendant la gestion du cancer pour guider les décisions de traitement et prédire les résultats des patients. Cependant, il est souvent difficile d’identifier des biomarqueurs appropriés qui peuvent être reproduits de manière cohérente et sont facilement analysés avec des échantillons de patients limités. Dans une nouvelle étude présentée sur la couverture du numéro du 1er mai de la revue Recherche contre le cancerles chercheurs du Moffitt Cancer Center rendent compte de leur identification de biomarqueurs basés sur un type de modification génétique appelé méthylation qui prédit le type d’environnement immunitaire de la tumeur et les résultats pour les patients.

Les gènes sont fortement régulés par des modifications spécifiques qui peuvent favoriser ou bloquer leur expression. Un type de modification épigénétique appelée méthylation implique la fixation d’un groupe chimique méthyle à des régions particulières d’un gène. En règle générale, des niveaux plus élevés de méthylation au niveau des régions promotrices du gène ont tendance à être associés à des niveaux d’expression génique plus faibles. Récemment, des études ont suggéré que les schémas de méthylation génétique pourraient être des biomarqueurs potentiels. L’utilisation de la méthylation comme biomarqueur présente plusieurs avantages par rapport aux biomarqueurs d’expression génique couramment utilisés, notamment la reproductibilité et la stabilité qui lui permettent d’être facilement utilisée en milieu clinique, moins de variations entre les différentes techniques de test et la possibilité d’utiliser des échantillons de tissus congelés ou fixé dans du formaldéhyde et inclus dans de la paraffine.

Actuellement, le score d’activité cytolytique est un biomarqueur bien établi et prédit la présence de lymphocytes infiltrant la tumeur en fonction de l’expression des gènes. Les lymphocytes infiltrant les tumeurs sont un type de cellules immunitaires qui se sont déplacées du sang vers une tumeur. La présence d’un nombre élevé de lymphocytes infiltrant la tumeur dans une tumeur est généralement associée à un meilleur pronostic du patient. Le score d’activité cytolytique prédit la présence de lymphocytes infiltrant la tumeur, en particulier de lymphocytes T cytotoxiques, en mesurant les profils d’expression génique.

Dans leur étude, les chercheurs de Moffitt ont voulu identifier un meilleur biomarqueur que ceux couramment utilisés, comme le score d’activité cytolytique (pour identifier les tumeurs chaudes/froides). Ils ont proposé le concept de méthylation des traits quantitatifs d’expression basée sur la tumeur qui corrèle les modèles de méthylation des gènes avec l’expression des gènes pour identifier les biomarqueurs potentiels. Les chercheurs se sont concentrés sur le mélanome en tant que modèle de maladie et ont évalué s’ils pouvaient identifier une signature de méthylation particulière qui pourrait prédire à quoi ressemble l’environnement immunitaire d’une tumeur et les résultats pour les patients.

L’équipe de chercheurs a découvert que les séquences de méthylation dans les échantillons de mélanome pourraient servir de biomarqueur de substitution pour le score d’activité cytolytique et prédire le type d’environnement immunitaire dans une tumeur. En effectuant une analyse plus ciblée, ils ont déterminé que la méthylation d’un seul gène appelé TCF7 pouvait prédire si les lymphocytes T dans une tumeur avaient des propriétés anti-tumorales, et ils ont découvert que la signature TCF7 combinée au score d’activité cytolytique prédisait les résultats des patients. Plus précisément, les patients atteints de mélanome avec une signature TCF7 faible et un score d’activité cytolytique élevé avaient une survie plus longue que les autres combinaisons de signatures. Les chercheurs ont confirmé l’association entre les faibles scores de TCF7 et d’activité cytolytique élevée dans d’autres types de tumeurs, notamment le carcinome du rein, le carcinome de l’œsophage, le gliome, le sarcome et le cancer du poumon. De plus, les chercheurs ont déterminé que la signature TCF7 pouvait prédire les résultats des patients indépendamment d’autres variables.

Bien que des études supplémentaires doivent être réalisées, ces analyses suggèrent que la détermination du statut immunoépignomique par le dépistage quantitatif de la méthylation des traits d’expression basé sur la tumeur pourrait permettre une prédiction précise des résultats pour les patients. Cette découverte ouvre de nouvelles cibles potentielles pour des décisions de traitement personnalisées. C’est similaire à une empreinte digitale ou à un scan de l’iris, comme le montre la couverture du journal.”

Xuefeng Wang, Ph.D., membre associé du Département de biostatistique et de bioinformatique et chef de groupe pour l’immunologie computationnelle à Moffitt

La source:

Centre de cancérologie et institut de recherche H. Lee Moffitt

Référence de la revue :

Yu, X., et coll. (2022) Le dépistage de la méthylation des traits quantitatifs de l’expression tumorale révèle des panneaux CpG distincts pour la déconvolution des signatures immunitaires du cancer. Recherche contre le cancer. doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-21-3113.

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