Une nouvelle base de données suit le coronavirus dans la faune

Nous avons rencontré ce petit gars lors d’une randonnée sur le sentier de l’oncle Tom dans le parc national de Yellowstone. Le cerf était confortablement en train de choisir son dîner quand nous l’avons vu, et avant que nous ne le sachions, le cerf était entouré de touristes de Yellowstone. Je pense qu’il était un peu paniqué et s’est immédiatement enfui.

Une nouvelle base de données offre aux chercheurs un endroit central pour voir quelles espèces ont été infectées par le virus qui cause le COVID-19 chez l’homme.

Ces informations peuvent être utiles aux scientifiques pour se tenir au courant des espèces qui ont été infectées par le SRAS-CoV-2 et surveiller les éventuelles retombées du virus sur l’homme.

« En quelques mois, il était assez clair que ce coronavirus est vraiment généraliste, comme de nombreux coronavirus », a déclaré Chris Walzer, directeur exécutif de la santé à la Wildlife Conservation Society. “Il est capable de se lier au récepteur ACE2, et de nombreuses espèces pourraient potentiellement être infectées.”

Walzer travaillait sur le SRAS-CoV-2 chez les animaux au début de la pandémie lorsqu’il a entendu parler pour la première fois d’un chien signalé comme porteur du virus. Puis vinrent des rapports sur les chats. Bientôt, de plus en plus d’animaux, domestiques et sauvages, ont été testés positifs. “Nous avons vraiment essayé de garder une trace de ce qui se passait”, a-t-il déclaré.

Mais il a trouvé cela difficile. Chaque fois que lui et ses collègues écrivaient une mise à jour sur une nouvelle espèce atteinte du SRAS-CoV-2, ils entendaient également parler d’autres espèces testées positives. Alors que les incidents continuaient d’augmenter, il a décidé que la meilleure façon pour les scientifiques de se tenir au courant était de disposer d’un ensemble de données dynamique qui pourrait croître à mesure que de nouveaux incidents se produisaient dans le monde.

La nouvelle base de données que lui et ses collègues ont créée répertorie plus de 700 incidents impliquant plus de deux douzaines d’espèces animales dans le monde, y compris le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) et le vison d’Amérique (vison néovison). Ils l’ont présenté dans un article publié dans la nature.

Pour développer l’ensemble de données, Walzer et son équipe ont utilisé des systèmes accessibles au public, notamment ProMED et l’Organisation mondiale de la santé animale, pour analyser les rapports publiés sur la faune infectée par le SRAS-CoV-2. Leur base de données comprend les taux de mortalité, les symptômes cliniques et d’autres données qui pourraient aider les professionnels de la faune à comprendre comment le virus affecte les animaux. Le système a certains biais, a déclaré Walzer. Étant donné que la plupart des tests impliquent des animaux malades, les taux de mortalité peuvent être élevés. Certaines espèces attirent plus l’attention que d’autres. Certains pays soumettent des rapports plus fréquemment que d’autres. Et certains ne signalent rien du tout.

Ces différences soulignent les difficultés de mise en œuvre d’une approche One Health, une approche holistique qui prend en compte la santé des humains, de la faune et des écosystèmes, a déclaré Walzer. “Les rapports sur les maladies et les agents pathogènes de la faune sont vraiment fragmentés, très biaisés et absolument pas à la hauteur de la tâche pour mettre en œuvre les stratégies One Health”, a-t-il déclaré. “Cela va bien au-delà du SRAS-CoV-2.”

Cela ajoutera à la couche de la faune de l’approche One Health, a déclaré Walzer. “Nous devons harmoniser le partage des données et rendre les données disponibles dans un format utilisable”, a-t-il déclaré. Il insiste également sur le fait que les données doivent respecter les critères « FAIR » : trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables.

Il espère que les gens continueront à tester les animaux pour le virus ainsi que d’autres virus. Il souligne également l’importance de partager ces informations entre les secteurs. “Vous devez avoir les données structurées de manière à ce qu’elles aient un sens et que quelqu’un puisse réellement agir dessus”, a-t-il déclaré.

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